หม่อมราชวงศ์นิมิตรมงคล นวรัตน์ ผู้ถูกจับในคดีกบฏ ๒๔๘๑ ด้วยผู้หนึ่ง ได้อธิบายถึงเหตุที่กรมขุนชัยนาทนเรนทรถูกจับกุมในครั้งนี้ไว้ในหนังสือ “เบื้องแรกประชาธิปไตย” ว่า
เป็นเพราะพระองค์มักโปรดประพาสตามที่ต่างๆ ทั้งในและต่างประเทศ อย่างเช่นว่า ได้เคยไปเข้าเฝ้าฯพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๗ ณ ประเทศอังกฤษ ซึ่งในครั้งนั้นก็ถูกระแวงจากฝ่ายรัฐบาลไปครั้งหนึ่งแล้ว ครั้นต่อมา เมื่อพระองค์เสด็จไปเชียงใหม่ที่บังเอิญพระยาทรงสุรเดช ปรปักษ์ทางการเมืองของหลวงพิบูลสงครามพำนักอยู่ที่นั่นจึงได้ถูกมองอย่างสงสัยว่า พระองค์อาจติดต่อให้ความช่วยเหลือพระยาทรงสุรเดชอยู่ ทั้งๆ ที่ข้อสงสัยนี้ปราศจากความจริงอย่างสิ้นเชิง
แต่ฝ่ายรัฐบาลที่คอยจับผิดอยู่แล้ว ก็ได้ฉวยจังหวะเอาที่พระองค์เสด็จไปเยี่ยมบ้านหม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ที่ลำปางพอดีเข้าควบคุมพระองค์ไว้
คดีนี้รัฐบาลได้ตั้งศาลพิเศษขึ้นซึ่งการพิจารณาคดีด้วยศาลพิเศษนี้ผู้ต้องหาไม่มีสิทธิอุทธรณ์ฎีกาใดๆ ทั้งสิ้น ทั้งให้ถือว่าคำพิพากษาของศาลพิเศษนี้เป็นเด็ดขาด บังคับคดีได้ทันที จึงเท่ากับเป็นการตัดโอกาสไม่ให้ผู้ต้องหาได้พิสูจน์ความบริสุทธิ์ของตนเองอย่างครบถ้วนตามระเบียบตุลาการโดยปกติ
ศาลพิเศษนี้มีพันเอก หลวงพรหมโยธีเป็นประธาน ส่วนผู้ที่ถูกจับกุมถูกกล่าวหานอกจากมีกรมขุนชัยนาทนเรนทรแล้ว ก็ยังมีบรรดาผู้แทนราษฎร เช่น ร้อยโท ณ เณร ตาละลักษณ์ (จังหวัดพระนคร) พระราชญาติรักษา (จังหวัดสมุทรสาคร) ตลอดจนถึงบรรดาสมาชิกผู้ก่อการเปลี่ยนแปลงการปกครองบางส่วน เช่น พันเอก หลวงชำนาญยุทธศิลป์ เป็นต้น
กรมขุนชัยนาทนเรนทรถูกจับกุมคุมขังไว้ไม่ต่างไปจากพวกโจรผู้ร้ายทั่วไป ดังเช่นที่ หม่อมราชวงศ์นิมิตรมงคล นวรัตน์ ได้บรรยายเอาไว้ในบันทึกเรื่อง “ชีวิตแห่งการกบฏสองครั้ง” ถึงสภาพในห้องขังที่สถานีตำรวจพระราชวังอันเป็นที่จองจำในครั้งแรกว่า
“ห้องขังนั้นกว้างยาวเพียง ๒ วา (๑ วาเท่ากับ ๒ เมตร) ที่มุมห้องมีถังอุจจาระซึ่งไม่ได้ทำความสะอาดมาหลายวันแล้ว ผนังห้องเต็มไปด้วยเสมหะและน้ำลาย ที่พื้นเต็มไปด้วยฝุ่นละอองและในซอกกระดานเต็มไปด้วยเรือด ห้องเล็กซึ่งอับอากาศร้อนอบอ้าวเหม็นสกปรกนี้แหละจะต้องเป็นที่อยู่ที่กินและที่นอนของข้าพเจ้าต่อไปอีก ๓ เดือน แต่ถ้ากรมขุนชัยนาทนเรนทรทรงอดทนสิ่งเหล่านี้ได้ คนอย่างเราก็ไม่ควรบ่นเลย ข้าพเจ้าคิด… นี่เมืองไทยมาถึงยุคทมิฬจริงแล้วหรือ”
หม่อมเอลิซาเบธพระชายาก็ถูกคำสั่งห้ามเยี่ยมห้ามติดต่อใดๆ ในระยะแรก แต่ต่อมาถึงได้รับอนุญาตให้นำอาหารเข้าไปถวายได้ ความทุกข์ยากยิ่งกว่านั้นของกรมขุนชัยนาทนเรนทรก็คือทรงเป็นหอบหืด การติดต่อขอร้องผู้มีอำนาจในขณะนั้นเป็นไปด้วยความยากลำบากมากกว่าที่จะได้รับอนุญาตให้นำยาพ่นแก้ หอบหืด ถังส้วมแบบมีฝาปิดและเตียงผ้าใบแบบพับได้เข้าไปในห้องขังได้สำเร็จ
อันที่จริงแล้วตามรัฐธรรมนูญในตอนนั้น ตำรวจมีอำนาจในการกักขังผู้ต้องหาได้เพียง ๑๕ วันเท่านั้น แต่เมื่อครบ ๑๕ วันแล้ว ทางตำรวจกลับนำคำสั่งมาถวายเพื่อให้ทรงลงพระนามรับทราบว่า ตำรวจได้ขออำนาจศาลขังพระองค์ต่อไปอีก ๑๕ วัน และเมื่อครบกำหนดแล้วก็ยังได้ทำแบบนี้อีกเรื่อยๆ จนครบ ๒ เดือน รัฐบาลถึงได้ออกพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลพิเศษ พ.ศ.๒๔๘๑ ขึ้นเพื่อพิจารณาคดีนี้
พระราชบัญญัติจัดตั้งศาลพิเศษ พ.ศ. ๒๔๘๑ นี้ หลวงพิบูลสงครามในฐานะนายกรัฐมนตรี และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมมีอำนาจแต่งตั้งประธานและกรรมการอัยการและเจ้าหน้าที่ศาลด้วย และเรื่องน่าสังเกตก็คือผู้ที่ลงนามแต่งตั้งศาลพิเศษนี้คือ พระองค์เจ้าอาทิตย์ทิพอาภาประธานคณะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ และรวมทั้งเจ้าพระยาพิชเยนทรโยธินผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ด้วย
ต่อมาภายหลังจากที่ศาลพิเศษนี้รับฟ้องแล้ว กรมขุนชัยนาทนเรนทรก็ได้ถูกส่งไปยังคุกลหุโทษเรือนจำคลองเปรม ซึ่งหม่อมราชวงศ์นิมิตรมงคล นวรัตน์ ก็ได้บันทึกไว้ดังนี้ว่า
“ห้องขังที่สถานีตำรวจพระราชวังเล็กอยู่แล้ว แต่ที่ลหุโทษยิ่งเล็กลงกว่านั้นอีกเป็นกำแพงทั้ง ๓ ด้าน ด้านหน้าเป็นประตูลูกกรงเหล็ก แต่ที่นั่นไม่เข้มงวดเท่าที่ก่อน นักโทษสามารถทักทายพูดคุยกันได้ และได้ออกไปเดินเล่นนอกห้องขังวันละครึ่งชั่วโมง แต่ยังคงห้ามมิให้ญาติมาเยี่ยมหรือติดต่อส่งข่าวกับบุคคลภายนอก”
กล่าวกันว่า การกล่าวโทษกรมขุนชัยนาทนเรนทรในคดีนี้ ได้มีการกระทำกันอย่างเป็นขบวนการที่ได้จัดตั้งเอาไว้ล่วงหน้าแล้ว โดยที่กล่าวหาว่าทรงคบคิดที่จะเป็นกบฏ โดยมีนายเพิ่ม เผื่อนพิภพ คนขับรถส่วนพระองค์เป็นผู้ร่วมก่อการและในการนี้ทางรัฐบาลได้นำทุกพระอิริยาบถ รวมทั้งพระกิจวัตรประจำวันของพระองค์มาประกอบข้อกล่าวหาด้วย อย่างเช่น ช่วงเสด็จไปทรงงานในพระบรมมหาราชวัง เพราะพระองค์เป็นที่ปรึกษาของสมเด็จฯ กรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ ประธานผู้สำเร็จราชการฯ องค์ก่อน ก็ถูกกล่าวหาว่าทรงสั่งให้นายเพิ่มไปเกณฑ์คนรถคนอื่นๆ ในวังหลวงมาร่วมก่อการกบฏ
หรือแม้กระทั่งเมื่อกรมขุนชัยนาทนเรนทรจัดงานสังสรรค์ในวังวิทยุบ่อยๆ ตามพระนิสัยส่วนพระองค์ที่โปรดการออกงานสังคมรื่นเริงต่างๆ อยู่แล้ว ก็ถูกกล่าวหาว่าทรงวางแผนจะก่อการกบฏ แล้วนายเพิ่มเองก็ได้พยายามหาพรรคพวกคนรถอื่นๆ ที่มาในงาน เป็นต้น
รัฐบาลยังกล่าวหาว่าเหตุที่ทำให้กรมขุนชัยนาทนเรนทรคิดเป็นกบฏ ก็เพราะทรงน้อยพระทัยที่ไม่ได้ทรงรับพระราชทานเงินปีเพิ่ม นอกจากนั้นพระองค์ยังถูกกล่าวหาด้วยว่า เสด็จต่างจังหวัดและต่างประเทศบ่อยๆ เพื่อไปประสานงานกับผู้ร่วมก่อการกบฏ เช่น เสด็จไปชวาเพื่อไปวางแผนและระดมทุนจากสมเด็จฯ เจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์วรพินิต เสด็จอังกฤษเพื่อเชิญพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวกลับมาครองราชย์และเพื่อไประดมทุนจากต่างประเทศหรือเสด็จเชียงใหม่ เพื่อแอบไปพบพระยาทรงสุรเดช คู่ปฏิปักษ์ทางทหารของหลวงพิบูลสงครามเพื่อเชิญพระยาทรงสุรเดชมาเป็นนายกรัฐมนตรีหลังก่อการกบฏสำเร็จแล้ว
คดีประวัติศาสตร์อัปยศนี้ ศาลพิเศษได้ดำเนินไปโดยที่ฝ่ายจำเลยไม่ได้รับอนุญาตให้มีทนายความ ในขณะที่ฝ่ายโจทก์ได้เตรียมทั้งพยานและหลักฐานเอาไว้พร้อมล่วงหน้าแล้ว และได้ใช้ระยะเวลาไปทั้งหมดประมาณ ๙ เดือน จึงมาถึงวันพิพากษา ในวันที่ ๒๐ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๘๒
มีผู้ถูกประหารชีวิตด้วยการยิงเป้า ๑๘ ราย และที่ถูกจำคุกถึงตลอดชีวิตรวมอีก ๒๕ ราย ผู้ที่ได้ถูกเอ่ยชื่อมาแล้ว และได้ถูกประหารชีวิตด้วยการยิงเป้ามีร้อยโท ณ เณร ตาละลักษณ์ กับนายลี บุญตา ฯลฯ ส่วนผู้ที่ถูกลดโทษมาเป็นจำคุกตลอดชีวิตก็ได้แก่ กรมขุนชัยนาทนเรนทร พลโท พระยาเทพหัสดิน และพันเอก หลวงชำนาญยุทธศิลป์ เป็นต้น แต่ถูกถอดยศและบรรดาศักดิ์ทั้งหมด
กรมขุนชัยนาทนเรนทรได้ถูกส่งเข้าเรือนจำบางขวาง พร้อมกับที่ถูกถอดออกจากฐานันดรศักดิ์ทั้งปวง มาเหลือฐานะเป็นเพียงนักโทษชายคนหนึ่ง คงจะไม่ต้องกล่าวถึงว่าชะตากรรมของพระองค์จะโศกเศร้าน่าสลดหดหู่เพียงไหน ดังที่พระองค์ได้ทรงปรารภเอาไว้หลายครั้งขณะที่ถูกจองจำอยู่ในคุกความว่า
“ถ้าฉันเป็นคนเหิมเห่อ ต้องการอำนาจ ธุระอะไรเล่าฉันจะไปเชิญพระปกเกล้าฯ มาเป็นกษัตริย์อีก คิดกบฏต่อหลานของฉัน ซึ่งฉันได้เลี้ยงดูมาเพื่อเอาราชสมบัติไปคืนพระปกเกล้าฯ ซึ่งทรงเบื่อหน่ายเพราะรักษาไม่ได้จนต้องสละเช่นนี้น่ะเห็นเหมาะงามได้อย่างไร”
และ “ทำไมหนอรัฐบาลหลายรัฐบาลมาแล้วจึงไม่ยอมที่จะเข้าใจว่า ฉันไม่มีความทะเยอทะยานในเรื่องอำนาจวาสนา… ฉันต้องการอยู่ตามลำพังอย่างคนสามัญทั้งหลาย”
มีข้อน่าสังเกตว่าได้มีผู้ที่ถูกตัดสินให้ประหารชีวิตหลายคนในคดีนี้ที่เป็นนายทหารชั้นผู้ใหญ่ ซึ่งได้ลงนามในฎีกาขอพระราชทานอภัยโทษต่อประธานคณะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ คือ พระองค์อาทิตย์ทิพอาภาแต่กลับไม่ทรงลงพระนาม นักโทษเหล่านี้จึงได้ถูกยิงเป้าตายภายในไม่กี่วันหลังคำพิพากษาของศาล ฉะนั้นต่อมาจึงทำให้เกิดข่าวลือว่าหลวงพิบูลสงครามได้เคยทาบทามที่จะให้พระองค์เจ้าอาทิตย์ทิพอาภารับขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าอยู่หัว แต่ท้ายที่สุดข่าวลือนี้ก็ได้รับการยืนยันว่าไม่เป็นความจริง
ทางด้านสมเด็จฯ พระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า และสมเด็จพระราชชนนีก็ได้ทรงพยายามทุกวิถีทางที่จะหาทางช่วยเหลือลดหย่อนผ่อนโทษให้แก่กรมขุนชัยนาทนเรนทรแต่ก็ไร้ผล โดยเฉพาะสมเด็จพระราชชนนีทรงถึงขนาดขอให้รัฐบาลผ่อนผันด้วยการเนรเทศกรมขุนชัยนาทนเรนทรออกไปอยู่ต่างประเทศแทนการจำคุกตลอดชีวิต แต่ฝ่ายรัฐบาลก็ไม่ยินยอมอยู่ดี
วิกฤติการณ์ครั้งนี้จึงได้ทำให้เกิดข่าวลือในเวลาต่อมาอีกว่า พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดลนั้นจะทรงสละราชสมบัติ… แม้สมเด็จพระราชชนนีจะเคยมีรับสั่งกับพระยาวิชิตวงศ์วุฒิไกร สมุหราชองครักษ์ ว่า
“เมื่อสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงรับสืบราชสมบัติแล้ว พระราชชนนีก็มีพระประสงค์อันแรงกล้าที่จะให้สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงกระทำหน้าที่ประมุขของชาติให้ได้ประโยชน์เต็มที่ ไม่ใช่สักแต่รับราชสมบัติแล้วก็ไม่พยายามประกอบพระราชกรณียกิจในทางโปลิติกก็ดีหรือในทางทำนุบำรุงไพร่ฟ้าประชาราษฎร์ก็ดี…” มาแล้วก็ตาม
